Centos 6.6, Tomcat 7 et jdk 7 : impossible de démarrer

[Kagilum]

Bonjour,

Je tente d’installer Icescrum sur un serveur sous Centos 6.6 avec le package tomcat 7 venu de EPEL.

J’ai tenté avec l’openjdk et le jdk oracle sans le moindre changement.

Voici la sortie de catalina.out en mode debug :

nov. 23, 2014 8:34:39 PM org.apache.coyote.AbstractProtocol pause

INFOS: Pausing ProtocolHandler ["http-nio-8080"]

nov. 23, 2014 8:34:39 PM org.apache.coyote.AbstractProtocol pause

INFOS: Pausing ProtocolHandler ["ajp-bio-8009"]

nov. 23, 2014 8:34:39 PM org.apache.catalina.core.StandardService stopInternal

INFOS: Arrêt du service Catalina

nov. 23, 2014 8:34:39 PM org.apache.coyote.AbstractProtocol stop

INFOS: Stopping ProtocolHandler ["http-nio-8080"]

nov. 23, 2014 8:34:39 PM org.apache.coyote.AbstractProtocol stop

INFOS: Stopping ProtocolHandler ["ajp-bio-8009"]

nov. 23, 2014 8:34:39 PM org.apache.coyote.AbstractProtocol destroy

INFOS: Destroying ProtocolHandler ["http-nio-8080"]

nov. 23, 2014 8:34:39 PM org.apache.coyote.AbstractProtocol destroy

INFOS: Destroying ProtocolHandler ["ajp-bio-8009"]

nov. 23, 2014 8:34:47 PM org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener init

INFOS: The APR based Apache Tomcat Native library which allows optimal performance in production environments was not found on

the java.library.path: /usr/java/packages/lib/amd64:/usr/lib64:/lib64:/lib:/usr/lib

nov. 23, 2014 8:34:47 PM org.apache.coyote.AbstractProtocol init

INFOS: Initializing ProtocolHandler ["http-nio-8080"]

nov. 23, 2014 8:34:48 PM org.apache.tomcat.util.net.NioSelectorPool getSharedSelector

INFOS: Using a shared selector for servlet write/read

nov. 23, 2014 8:34:48 PM org.apache.coyote.AbstractProtocol init

INFOS: Initializing ProtocolHandler ["ajp-bio-8009"]

nov. 23, 2014 8:34:48 PM org.apache.catalina.startup.Catalina load

INFOS: Initialization processed in 2095 ms

nov. 23, 2014 8:34:48 PM org.apache.catalina.core.StandardService startInternal

INFOS: Démarrage du service Catalina

nov. 23, 2014 8:34:48 PM org.apache.catalina.core.StandardEngine startInternal

INFOS: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/7.0.33

nov. 23, 2014 8:34:48 PM org.apache.catalina.startup.HostConfig deployWAR

INFOS: Déploiement de l'archive /var/lib/tomcat/webapps/icescrum.war de l'application web

nov. 23, 2014 8:34:48 PM org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader validateJarFile

INFOS: validateJarFile(/usr/share/tomcat/webapps/icescrum/WEB-INF/lib/geronimo-servlet_3.0_spec-1.0.jar) - jar not loaded. See

Servlet Spec 2.3, section 9.7.2. Offending class: javax/servlet/Servlet.class

Server Timezone : UTC

log dir : /var/log/tomcat/

Including configuration file specified on command line: /etc/icescrum/config.groovy

(*) grails.config.locations = [file:/etc/icescrum/config.groovy]

2014-11-23 20:35:26,327 [localhost-startStop-1] INFO  spring.BeanBuilder  - [RuntimeConfiguration] Configuring data source for environment: PRODUCTION

2014-11-23 20:35:26,352 [localhost-startStop-1] ERROR context.ContextLoader  - Context initialization failed

org.springframework.beans.factory.access.BootstrapException: Error executing bootstraps; nested exception is org.codehaus.groovy.runtime.InvokerInvocationException: java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/commons/pool/impl/GenericObjectPool

at org.codehaus.groovy.grails.web.context.GrailsContextLoader.createWebApplicationContext(GrailsContextLoader.java:87)

at org.springframework.web.context.ContextLoader.initWebApplicationContext(ContextLoader.java:197)

at org.springframework.web.context.ContextLoaderListener.contextInitialized(ContextLoaderListener.java:47)

at org.apache.catalina.core.StandardContext.listenerStart(StandardContext.java:4791)

at org.apache.catalina.core.StandardContext.startInternal(StandardContext.java:5285)

at org.apache.catalina.util.LifecycleBase.start(LifecycleBase.java:150)

at org.apache.catalina.core.ContainerBase.addChildInternal(ContainerBase.java:901)

at org.apache.catalina.core.ContainerBase.addChild(ContainerBase.java:877)

at org.apache.catalina.core.StandardHost.addChild(StandardHost.java:633)

at org.apache.catalina.startup.HostConfig.deployWAR(HostConfig.java:977)

at org.apache.catalina.startup.HostConfig$DeployWar.run(HostConfig.java:1655)

at java.util.concurrent.Executors$RunnableAdapter.call(Executors.java:471)

at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:262)

at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1145)

at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:615)

at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

Caused by: org.codehaus.groovy.runtime.InvokerInvocationException: java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/commons/pool/impl/GenericObjectPool

at grails.spring.BeanBuilder.invokeBeanDefiningClosure(BeanBuilder.java:723)

at grails.spring.BeanBuilder.beans(BeanBuilder.java:573)

at grails.spring.BeanBuilder.invokeMethod(BeanBuilder.java:519)

... 5 more

Caused by: java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/commons/pool/impl/GenericObjectPool

at java.lang.Class.forName0(Native Method)

at java.lang.Class.forName(Class.java:190)

... 8 more

Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: org.apache.commons.pool.impl.GenericObjectPool

at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:366)

at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:355)

at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)

at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:354)

at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:425)

at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:358)

... 10 more

nov. 23, 2014 8:35:26 PM org.apache.catalina.core.StandardContext startInternal

GRAVE: Error listenerStart

2014-11-23 20:35:27,380 [localhost-startStop-1] INFO  util.SessionIdGenerator  - Creation of SecureRandom instance for session ID generation using [SHA1PRNG] took [1 014] milliseconds.

nov. 23, 2014 8:35:27 PM org.apache.catalina.core.StandardContext startInternal

GRAVE: Erreur de démarrage du contexte [/icescrum] suite aux erreurs précédentes

nov. 23, 2014 8:35:27 PM org.apache.catalina.startup.HostConfig deployDirectory

INFOS: Déploiement du répertoire /var/lib/tomcat/webapps/host-manager de l'application web

nov. 23, 2014 8:35:27 PM org.apache.catalina.startup.HostConfig deployDirectory

INFOS: Déploiement du répertoire /var/lib/tomcat/webapps/manager de l'application web

nov. 23, 2014 8:35:27 PM org.apache.coyote.AbstractProtocol start

INFOS: Starting ProtocolHandler ["http-nio-8080"]

nov. 23, 2014 8:35:27 PM org.apache.coyote.AbstractProtocol start

INFOS: Starting ProtocolHandler ["ajp-bio-8009"]

nov. 23, 2014 8:35:27 PM org.apache.catalina.startup.Catalina start

INFOS: Server startup in 39768 ms

Le icescrum.log me met la même chose.

J’ai bien mis les options de CATALINA_OPTS et JAVA_OPTS dans tomcat.conf (équivalent paquagé de setenv.sh). Mon config.groovy est bien chargé et je ne vois aucune erreur d’accès. Seul le icescrum basedir n’est pas forcement au meilleur endroit (je pense à le changer) : /usr/share/tomcat/work/icescrum (le répertoire existe et appartient à tomcat).

J’ai paramétré un accès à une base mysql avec la création d’un utilisateur dédié et d’une base en utf8. Je peux me connecter sans problème dessus mais aucune tables n’a été créé.

J’ai cherché partout mais je ne trouve pas de solution. En cas de besoin je peux fournir d’autre fichier de log ou les fichiers de conf.

Merci d’avance.

[Nicolas Noullet]

Bonjour,

Le problème vient du package EPEL qui n’est pas conforme au packaging standard de Tomcat.

J’ai déjà analysé ce problème (en anglais par contre) :

The NoClassDefFoundError exception indicates a Java classpath issue. Some libraries provided in the Tomcat classpath clash with the one used to compile iceScrum.

It seems that the tomcat-lib-7.0.33-4.el6.noarch packages brings libraries that are not included in a regular Tomcat distribution:

– tomcat-lib-7.0.33-4.el6.noarch content (according to http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/26367526/dir/redhat_el_6/com/tomcat-lib-7.0.33-4.el6.noarch.rpm.html):
annotations-api.jar
catalina-ant.jar
catalina-ha.jar
catalina-tribes.jar
catalina.jar
commons-collections.jar
commons-dbcp.jar
jasper-el.jar
jasper-jdt.jar
jasper.jar
log4j.jar
tomcat-api.jar
tomcat-coyote.jar
tomcat-i18n-es.jar
tomcat-i18n-fr.jar
tomcat-i18n-ja.jar
tomcat-jdbc.jar
tomcat-jsp-2.2-api.jar
tomcat-juli.jar
tomcat-servlet-3.0-api.jar
tomcat-util.jar

– apache-tomcat-7.0.33 regular binary release (apache-tomcat-7.0.33.tar.gz), lib folder:
annotations-api.jar
catalina-ant.jar
catalina-ha.jar
catalina-tribes.jar
catalina.jar
ecj-3.7.2.jar
el-api.jar
jasper-el.jar
jasper.jar
jsp-api.jar
servlet-api.jar
tomcat-api.jar
tomcat-coyote.jar
tomcat-dbcp.jar
tomcat-i18n-es.jar
tomcat-i18n-fr.jar
tomcat-i18n-ja.jar
tomcat-jdbc.jar (this one must be removed, as indicated in the install guide: https://www.icescrum.com/documentation/install-guide/#software-requirements_3)
tomcat-util.jar

Apache « commons » libraries are already included in the iceScrum war. If, as I assume, they are also provided in your Tomcat classpath (through commons-dbcp.jar or commons-pool.jdbc) then this is likely to be the cause of the current error. I don’t understand why the tomcat-lib package would not be consistent with the Tomcat binary release (which is the target environment for iceScrum), but if it is the case then I am afraid that other classpath conflicts may happen.

La solution consiste à retirer les bibliothèques commons-*.jar du classpath de Tomcat.

[Kagilum]

Bon j’ai fini par trouver une solution simple et fonctionnel. J’avais déjà vu quelque chose de similaire hier mais j’avais pas tilté :

Sur centos 6, il y a une dépendance sur jakarta-commons-pool. Si on installe ce package, il n’est pas rajouté par défaut dans les librairies utilisable par tomcat 7.

La solution est donc :

cd /usr/share/tomcat/lib && ln -s /usr/share/java/jakarta-commons-pool.jar commons-pool.jar

Pour info sur centos 7, le package s’appel apache-commons-pool.

Merci pour le coup de main

[Nicolas Noullet]

Content que ça fonctionne !

Et merci pour vos retours, je pense qu’ils seront utiles à d’autres utilisateurs.

[Auteur]

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